Musholla di MTs Amaliyah Tanjung Tiga bukan hanya bangunan fisik tempat sujud, melainkan laboratorium rohani. Dengan musholla yang bersih, nyaman, dan terkelola dengan baik, madrasah dapat menanamkan kebiasaan cinta masjid, disiplin waktu, dan akhlakul karimah kepada para siswa sejak dini.